diff --git a/src/Eccube/DependencyInjection/Compiler/StripAutoMappedEntityPathsPass.php b/src/Eccube/DependencyInjection/Compiler/StripAutoMappedEntityPathsPass.php
new file mode 100644
index 00000000000..5bfcda02607
--- /dev/null
+++ b/src/Eccube/DependencyInjection/Compiler/StripAutoMappedEntityPathsPass.php
@@ -0,0 +1,170 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Eccube\DependencyInjection\Compiler;
+
+use Doctrine\ORM\Mapping\Driver\AttributeDriver;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\Compiler\CompilerPassInterface;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\ContainerBuilder;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\Definition;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\Reference;
+
+/**
+ * doctrine.orm.auto_mapping が生成する素の AttributeDriver から、
+ * Kernel::addEntityExtensionPass が TraitProxyAttributeDriver で明示登録している
+ * Entity ディレクトリを取り除く.
+ *
+ * doctrine-bundle は auto_mapping 対象バンドルの Entity ディレクトリを
+ * 「バンドルクラスが置かれたディレクトリ + /Entity」で検出し (DoctrineExtension::detectMetadataDriver)、
+ * 同じドライバ型のバンドルをすべて 1 つの AttributeDriver インスタンスに集約する
+ * (DoctrineExtension::registerMappingDrivers). そのため、EC-CUBE が明示登録している
+ * ディレクトリ (src/Eccube/Entity, app/Customize/Entity, app/Plugin/<Code>/Entity) が
+ * 素の AttributeDriver にも入り込む.
+ *
+ * 素のドライバは ColocatedMappingDriver::getAllClassNames() で Entity ソースを無条件に
+ * require_once するため、Kernel::loadEntityProxies() が app/proxy/entity の Proxy を
+ * 先にロードした状態では "Cannot redeclare class" で fatal になる
+ * (Entity の if (!class_exists()) ガード全廃前は、そのガードが吸収していた).
+ *
+ * MappingDriverChain は名前空間ごとに 1 ドライバしか保持しないため、EC-CUBE の明示登録で
+ * 上書きされたように見えるが、素のドライバが別の名前空間 (第三者バンドル) でチェーンに
+ * 残っていると、その getAllClassNames() が自身の全パスを走査して同じ fatal を引き起こす.
+ *
+ * バンドル名を列挙する (doctrine.orm.mappings.<Bundle>: false) 方式では、サードパーティ製
+ * プラグインが持ち込むバンドル名を事前に知ることができないため、コンパイル時にパスを
+ * 取り除く方式とする.
+ *
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/pull/6895 Entity の if(!class_exists()) ガード全廃
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/6979
+ */
+final readonly class StripAutoMappedEntityPathsPass implements CompilerPassInterface
+{
+    /**
+     * @param string[] $explicitlyMappedPaths TraitProxyAttributeDriver で明示登録している Entity ディレクトリ
+     */
+    public function __construct(private array $explicitlyMappedPaths)
+    {
+    }
+
+    public function process(ContainerBuilder $container): void
+    {
+        $explicitlyMappedPaths = [];
+        foreach ($this->explicitlyMappedPaths as $path) {
+            $resolved = $this->resolvePath($container, $path);
+            if (null !== $resolved) {
+                $explicitlyMappedPaths[] = $resolved;
+            }
+        }
+
+        if ([] === $explicitlyMappedPaths) {
+            return;
+        }
+
+        foreach ($container->getDefinitions() as $id => $definition) {
+            if (!$this->isAutoMappedAttributeDriver($container, $id, $definition)) {
+                continue;
+            }
+
+            $arguments = $definition->getArguments();
+            $paths = $arguments[0] ?? null;
+            if (!\is_array($paths)) {
+                continue;
+            }
+
+            $remaining = array_values(array_filter(
+                $paths,
+                fn ($path) => !\in_array($this->resolvePath($container, $path), $explicitlyMappedPaths, true)
+            ));
+
+            if (\count($remaining) === \count($paths)) {
+                continue;
+            }
+
+            if ([] === $remaining) {
+                // 担当パスがすべて明示登録済みになった素のドライバはチェーンから外す.
+                // paths が空のまま getAllClassNames() を呼ばれると例外になるため.
+                $this->removeFromDriverChains($container, $id);
+            }
+
+            $arguments[0] = $remaining;
+            $definition->setArguments($arguments);
+        }
+    }
+
+    /**
+     * doctrine.orm.auto_mapping が生成する素の AttributeDriver か判定する.
+     */
+    private function isAutoMappedAttributeDriver(ContainerBuilder $container, string $id, Definition $definition): bool
+    {
+        if (!str_starts_with($id, 'doctrine.orm.')
+            || !(str_ends_with($id, '_attribute_metadata_driver')
+                || str_ends_with($id, '_attribute_metadata_driver.inner'))
+        ) {
+            return false;
+        }
+
+        $class = $definition->getClass();
+        if (!\is_string($class)) {
+            return false;
+        }
+
+        $class = $container->getParameterBag()->resolveValue($class);
+
+        return \is_string($class) && is_a($class, AttributeDriver::class, true);
+    }
+
+    /**
+     * 指定したドライバサービスへの addDriver() 呼び出しを MappingDriverChain から取り除く.
+     */
+    private function removeFromDriverChains(ContainerBuilder $container, string $driverId): void
+    {
+        foreach ($container->getDefinitions() as $definition) {
+            $methodCalls = $definition->getMethodCalls();
+            $remaining = array_values(array_filter(
+                $methodCalls,
+                function (array $call) use ($driverId) {
+                    if ('addDriver' !== $call[0]) {
+                        return true;
+                    }
+
+                    $driver = $call[1][0] ?? null;
+
+                    return !($driver instanceof Reference && $driverId === (string) $driver);
+                }
+            ));
+
+            if (\count($remaining) !== \count($methodCalls)) {
+                $definition->setMethodCalls($remaining);
+            }
+        }
+    }
+
+    /**
+     * パスをコンテナパラメータ解決 + realpath で正規化する.
+     */
+    private function resolvePath(ContainerBuilder $container, mixed $path): ?string
+    {
+        if (!\is_string($path)) {
+            return null;
+        }
+
+        $resolved = $container->getParameterBag()->resolveValue($path);
+        if (!\is_string($resolved)) {
+            return null;
+        }
+
+        return realpath($resolved) ?: null;
+    }
+}
diff --git a/src/Eccube/Kernel.php b/src/Eccube/Kernel.php
index 85eca1463c4..8d5c895aa9a 100644
--- a/src/Eccube/Kernel.php
+++ b/src/Eccube/Kernel.php
@@ -22,6 +22,7 @@
 use Eccube\DependencyInjection\Compiler\PluginPass;
 use Eccube\DependencyInjection\Compiler\PurchaseFlowPass;
 use Eccube\DependencyInjection\Compiler\QueryCustomizerPass;
+use Eccube\DependencyInjection\Compiler\StripAutoMappedEntityPathsPass;
 use Eccube\DependencyInjection\Compiler\StripReportFieldsArgPass;
 use Eccube\DependencyInjection\Compiler\TwigBlockPass;
 use Eccube\DependencyInjection\Compiler\TwigExtensionPass;
@@ -292,12 +293,16 @@ protected function addEntityExtensionPass(ContainerBuilder $container): void
     {
         $projectDir = $container->getParameter('kernel.project_dir');
 
+        // TraitProxyAttributeDriver で明示登録した Entity ディレクトリ
+        $explicitlyMappedPaths = [];
+
         // Eccube
         $paths = ['%kernel.project_dir%/src/Eccube/Entity'];
         $namespaces = ['Eccube\\Entity'];
         $driver = new Definition(TraitProxyAttributeDriver::class, [$paths]);
         $driver->addMethodCall('setTraitProxiesDirectory', [$projectDir.'/app/proxy/entity']);
         $container->addCompilerPass(new DoctrineOrmMappingsPass($driver, $namespaces, []));
+        $explicitlyMappedPaths = [...$explicitlyMappedPaths, ...$paths];
 
         // Customize
         $customizePaths = ['%kernel.project_dir%/app/Customize/Entity'];
@@ -305,6 +310,7 @@ protected function addEntityExtensionPass(ContainerBuilder $container): void
         $customizeDriver = new Definition(TraitProxyAttributeDriver::class, [$customizePaths]);
         $customizeDriver->addMethodCall('setTraitProxiesDirectory', [$projectDir.'/app/proxy/entity']);
         $container->addCompilerPass(new DoctrineOrmMappingsPass($customizeDriver, $customizeNamespaces, []));
+        $explicitlyMappedPaths = [...$explicitlyMappedPaths, ...$customizePaths];
 
         // Plugin
         $pluginDir = $projectDir.'/app/Plugin';
@@ -322,8 +328,17 @@ protected function addEntityExtensionPass(ContainerBuilder $container): void
                 $driver = new Definition(TraitProxyAttributeDriver::class, [$paths]);
                 $driver->addMethodCall('setTraitProxiesDirectory', [$projectDir.'/app/proxy/entity']);
                 $container->addCompilerPass(new DoctrineOrmMappingsPass($driver, $namespaces, []));
+                $explicitlyMappedPaths = [...$explicitlyMappedPaths, ...$paths];
             }
         }
+
+        // 明示登録した Entity ディレクトリを auto_mapping の素の AttributeDriver から取り除く.
+        // StripReportFieldsArgPass が paths を第1引数へ正規化した後に実行する必要があるため、優先度を-1001に設定
+        $container->addCompilerPass(
+            new StripAutoMappedEntityPathsPass($explicitlyMappedPaths),
+            PassConfig::TYPE_BEFORE_OPTIMIZATION,
+            -1001
+        );
     }
 
     protected function loadEntityProxies(): void
diff --git a/tests/Eccube/Tests/DependencyInjection/Compiler/StripAutoMappedEntityPathsPassTest.php b/tests/Eccube/Tests/DependencyInjection/Compiler/StripAutoMappedEntityPathsPassTest.php
new file mode 100644
index 00000000000..37509e522b6
--- /dev/null
+++ b/tests/Eccube/Tests/DependencyInjection/Compiler/StripAutoMappedEntityPathsPassTest.php
@@ -0,0 +1,256 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Eccube\Tests\DependencyInjection\Compiler;
+
+use Doctrine\ORM\Mapping\Driver\AttributeDriver;
+use Doctrine\Persistence\Mapping\Driver\MappingDriverChain;
+use Eccube\DependencyInjection\Compiler\StripAutoMappedEntityPathsPass;
+use Eccube\Doctrine\ORM\Mapping\Driver\TraitProxyAttributeDriver;
+use PHPUnit\Framework\TestCase;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\ContainerBuilder;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\Definition;
+use Symfony\Component\DependencyInjection\Reference;
+use Symfony\Component\Filesystem\Filesystem;
+
+/**
+ * doctrine.orm.auto_mapping が生成する素の AttributeDriver から、EC-CUBE が
+ * TraitProxyAttributeDriver で明示登録している Entity ディレクトリが取り除かれることの回帰テスト.
+ *
+ * 素のドライバは ColocatedMappingDriver::getAllClassNames() で Entity ソースを無条件に
+ * require_once するため、Kernel::loadEntityProxies() が Proxy をロード済みの状態では
+ * "Cannot redeclare class" で fatal になる.
+ *
+ * DoctrineBundle の実挙動 (バンドル横断で 1 つの AttributeDriver に paths を集約し、
+ * prefix ごとに MappingDriverChain::addDriver する) を模したコンテナで検証する.
+ *
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/6979
+ */
+final class StripAutoMappedEntityPathsPassTest extends TestCase
+{
+    private const DRIVER_ID = 'doctrine.orm.default_attribute_metadata_driver';
+
+    private const CHAIN_ID = 'doctrine.orm.default_metadata_driver';
+
+    private string $projectDir;
+
+    private string $coreEntityDir;
+
+    private string $pluginEntityDir;
+
+    private string $vendorEntityDir;
+
+    protected function setUp(): void
+    {
+        parent::setUp();
+
+        $this->projectDir = sys_get_temp_dir().'/strip_auto_mapped_entity_paths_'.uniqid('', true);
+        $this->coreEntityDir = $this->projectDir.'/src/Eccube/Entity';
+        $this->pluginEntityDir = $this->projectDir.'/app/Plugin/Foo/Entity';
+        $this->vendorEntityDir = $this->projectDir.'/vendor/acme/extra-bundle/src/Entity';
+
+        (new Filesystem())->mkdir([$this->coreEntityDir, $this->pluginEntityDir, $this->vendorEntityDir]);
+    }
+
+    protected function tearDown(): void
+    {
+        (new Filesystem())->remove($this->projectDir);
+
+        parent::tearDown();
+    }
+
+    /**
+     * 明示登録済みのパスだけが取り除かれ、第三者バンドルのパスは残ること.
+     */
+    public function testExplicitlyMappedPathsAreStripped(): void
+    {
+        $container = $this->createContainer([
+            'Eccube\\Entity' => $this->coreEntityDir,
+            'Plugin\\Foo\\Entity' => $this->pluginEntityDir,
+            'Acme\\ExtraBundle\\Entity' => $this->vendorEntityDir,
+        ]);
+
+        $this->process($container);
+
+        $this->assertSame(
+            [$this->vendorEntityDir],
+            $container->getDefinition(self::DRIVER_ID)->getArgument(0),
+            '明示登録済みの Entity ディレクトリは素の AttributeDriver から取り除かれる'
+        );
+    }
+
+    /**
+     * パスが残る場合は MappingDriverChain への登録を維持すること.
+     */
+    public function testDriverStaysInChainWhenPathsRemain(): void
+    {
+        $container = $this->createContainer([
+            'Eccube\\Entity' => $this->coreEntityDir,
+            'Acme\\ExtraBundle\\Entity' => $this->vendorEntityDir,
+        ]);
+
+        $this->process($container);
+
+        $this->assertSame(
+            ['Eccube\\Entity', 'Acme\\ExtraBundle\\Entity'],
+            $this->autoMappedPrefixesInChain($container),
+            '第三者バンドルのマッピングを解決するため、素のドライバはチェーンに残す'
+        );
+    }
+
+    /**
+     * 全パスが明示登録済みになった素のドライバは MappingDriverChain から外すこと.
+     *
+     * paths が空のまま getAllClassNames() を呼ばれると
+     * MappingException::pathRequiredForDriver で例外になるため.
+     */
+    public function testDriverIsRemovedFromChainWhenAllPathsAreStripped(): void
+    {
+        $container = $this->createContainer([
+            'Eccube\\Entity' => $this->coreEntityDir,
+            'Plugin\\Foo\\Entity' => $this->pluginEntityDir,
+        ]);
+
+        $this->process($container);
+
+        $this->assertSame([], $container->getDefinition(self::DRIVER_ID)->getArgument(0));
+        $this->assertSame([], $this->autoMappedPrefixesInChain($container));
+
+        // EC-CUBE が明示登録した TraitProxyAttributeDriver の登録は残す
+        $this->assertSame(
+            ['Eccube\\Entity', 'Plugin\\Foo\\Entity'],
+            $this->explicitlyMappedPrefixesInChain($container)
+        );
+    }
+
+    /**
+     * 明示登録側がコンテナパラメータ表記でも解決されること.
+     */
+    public function testParameterPlaceholderIsResolved(): void
+    {
+        $container = $this->createContainer([
+            'Eccube\\Entity' => $this->coreEntityDir,
+            'Acme\\ExtraBundle\\Entity' => $this->vendorEntityDir,
+        ]);
+
+        (new StripAutoMappedEntityPathsPass(['%kernel.project_dir%/src/Eccube/Entity']))->process($container);
+
+        $this->assertSame([$this->vendorEntityDir], $container->getDefinition(self::DRIVER_ID)->getArgument(0));
+    }
+
+    /**
+     * doctrine.orm.auto_mapping 由来でないドライバ定義は変更しないこと.
+     */
+    public function testUnrelatedDriverIsNotTouched(): void
+    {
+        $container = $this->createContainer([
+            'Acme\\ExtraBundle\\Entity' => $this->vendorEntityDir,
+        ]);
+        $container->setDefinition(
+            'acme.custom_metadata_driver',
+            new Definition(AttributeDriver::class, [[$this->coreEntityDir]])
+        );
+
+        $this->process($container);
+
+        $this->assertSame(
+            [$this->coreEntityDir],
+            $container->getDefinition('acme.custom_metadata_driver')->getArgument(0)
+        );
+    }
+
+    /**
+     * DoctrineBundle が生成するコンテナ構造を模して組み立てる.
+     *
+     * @param array<string, string> $autoMappedPaths prefix => Entity ディレクトリ
+     */
+    private function createContainer(array $autoMappedPaths): ContainerBuilder
+    {
+        $container = new ContainerBuilder();
+        $container->setParameter('kernel.project_dir', $this->projectDir);
+
+        // DoctrineExtension::registerMappingDrivers 相当:
+        // 同じドライバ型のバンドルを 1 インスタンスに集約し、prefix ごとにチェーンへ登録する
+        $container->setDefinition(
+            self::DRIVER_ID,
+            new Definition(AttributeDriver::class, [array_values($autoMappedPaths)])
+        );
+
+        $chain = new Definition(MappingDriverChain::class);
+        foreach (array_keys($autoMappedPaths) as $prefix) {
+            $chain->addMethodCall('addDriver', [new Reference(self::DRIVER_ID), $prefix]);
+        }
+
+        // Kernel::addEntityExtensionPass 相当: 明示登録は同じ prefix を後から上書きする
+        foreach ($this->explicitlyMappedPaths() as $prefix => $path) {
+            $chain->addMethodCall('addDriver', [new Definition(TraitProxyAttributeDriver::class, [[$path]]), $prefix]);
+        }
+
+        $container->setDefinition(self::CHAIN_ID, $chain);
+
+        return $container;
+    }
+
+    private function process(ContainerBuilder $container): void
+    {
+        (new StripAutoMappedEntityPathsPass(array_values($this->explicitlyMappedPaths())))->process($container);
+    }
+
+    /**
+     * @return array<string, string>
+     */
+    private function explicitlyMappedPaths(): array
+    {
+        return [
+            'Eccube\\Entity' => $this->coreEntityDir,
+            'Plugin\\Foo\\Entity' => $this->pluginEntityDir,
+        ];
+    }
+
+    /**
+     * 素の AttributeDriver がチェーンに登録されている prefix.
+     *
+     * @return list<string>
+     */
+    private function autoMappedPrefixesInChain(ContainerBuilder $container): array
+    {
+        $prefixes = [];
+        foreach ($container->getDefinition(self::CHAIN_ID)->getMethodCalls() as [$method, $arguments]) {
+            if ('addDriver' === $method && $arguments[0] instanceof Reference && self::DRIVER_ID === (string) $arguments[0]) {
+                $prefixes[] = $arguments[1];
+            }
+        }
+
+        return $prefixes;
+    }
+
+    /**
+     * TraitProxyAttributeDriver がチェーンに登録されている prefix.
+     *
+     * @return list<string>
+     */
+    private function explicitlyMappedPrefixesInChain(ContainerBuilder $container): array
+    {
+        $prefixes = [];
+        foreach ($container->getDefinition(self::CHAIN_ID)->getMethodCalls() as [$method, $arguments]) {
+            if ('addDriver' === $method && $arguments[0] instanceof Definition
+                && TraitProxyAttributeDriver::class === $arguments[0]->getClass()) {
+                $prefixes[] = $arguments[1];
+            }
+        }
+
+        return $prefixes;
+    }
+}
diff --git a/tests/Eccube/Tests/Doctrine/ORM/Mapping/AutoMappedEntityPathsBootTest.php b/tests/Eccube/Tests/Doctrine/ORM/Mapping/AutoMappedEntityPathsBootTest.php
new file mode 100644
index 00000000000..7ea81b72099
--- /dev/null
+++ b/tests/Eccube/Tests/Doctrine/ORM/Mapping/AutoMappedEntityPathsBootTest.php
@@ -0,0 +1,218 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Eccube\Tests\Doctrine\ORM\Mapping;
+
+use Customize\Entity\StripAutoMappedTarget;
+use Customize\Lib\Entity\StripAutoMappedExtra;
+use PHPUnit\Framework\TestCase;
+use Symfony\Component\Filesystem\Filesystem;
+use Symfony\Component\Process\Process;
+
+/**
+ * auto_mapping による Entity ディレクトリの二重登録が、実際にアプリケーションを起動した状態で
+ * redeclare fatal を起こさないことの回帰テスト.
+ *
+ * StripAutoMappedEntityPathsPassTest は ContainerBuilder を組み立てるコンパイル時の単体テスト、
+ * EccubeEntityMetadataDriverTest は素の構成でのドライバ種別の検証であり、いずれも
+ * issue #6979 の再現構成そのものは組み立てていない. 本テストは再現に必要な 3 要素を実際に配置し、
+ * メタデータ解決まで到達することを検証する.
+ *
+ * 再現に必要な 3 要素 (issue #6979 の対照実験 A / B で確定):
+ *
+ *   1. Entity を持つ第三者バンドル (Customize\Lib\CustomizeLibBundle)
+ *      prefix Customize\Lib\Entity は明示登録の対象外なので、auto_mapping が生成する
+ *      素の AttributeDriver がこの prefix で MappingDriverChain に残る.
+ *      これが無いと共有ドライバはチェーンから消えるため fatal にならない (対照実験 A).
+ *   2. app/Customize 直下に置かれた Bundle (Customize\CustomizeRootBundle)
+ *      doctrine-bundle は「Bundle クラスのあるディレクトリ + /Entity」を auto_mapping 対象とするため、
+ *      EC-CUBE が明示登録している app/Customize/Entity が素のドライバの paths にも入る.
+ *   3. 同一 FQCN の Proxy (app/proxy/entity/app/Customize/Entity/...)
+ *      Kernel::loadEntityProxies() が先にロードするため、素のドライバが元ソースを
+ *      require_once した時点で "Cannot redeclare class ..." になる.
+ *
+ * 検証は bin/console をサブプロセスで実行して行う. 回帰時の redeclare は PHP の fatal であり、
+ * 同一プロセスで起動すると tearDown が実行されず fixture が残るため、
+ * 子プロセスに閉じ込めて終了コードで判定する.
+ *
+ * サブプロセスは専用の APP_ENV で実行する. fixture を反映させるにはコンテナの再生成が必要だが、
+ * var/cache/test を削除すると、同一プロセスで実行中の他テストがコンテナから遅延ロードする
+ * サービス定義ファイルまで消えてしまうため (Kernel::configureContainer は
+ * packages/<env> を is_dir で判定するので、専用環境名でも共通設定だけで起動できる).
+ *
+ * 実プロジェクトのファイルを一時的に置き換えるため、既存ファイルは setUp で退避し tearDown で復元する.
+ *
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/6979
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/pull/6895 Entity の if(!class_exists()) ガード全廃
+ */
+final class AutoMappedEntityPathsBootTest extends TestCase
+{
+    // fixture を app/Customize へ配置して初めて実体を持つクラス. ::class は静的解決のためロードは発生しない
+    private const TARGET_ENTITY = StripAutoMappedTarget::class;
+
+    private const EXTRA_ENTITY = StripAutoMappedExtra::class;
+
+    private const PROXY_PATH = 'app/proxy/entity/app/Customize/Entity/StripAutoMappedTarget.php';
+
+    /** サブプロセス専用の環境名. var/cache/test を他テストと共有しないために分ける */
+    private const SUBPROCESS_ENV = 'test_auto_mapped';
+
+    /**
+     * 本テストが作成・削除するパス (プロジェクトルートからの相対).
+     * 実プロジェクトに同名のものがある場合は退避して復元する.
+     */
+    private const MANAGED_PATHS = [
+        'app/Customize/CustomizeRootBundle.php',
+        'app/Customize/Entity/StripAutoMappedTarget.php',
+        'app/Customize/Lib',
+        'app/Customize/Resource/config/bundles.php',
+        self::PROXY_PATH,
+    ];
+
+    private string $projectDir;
+
+    private string $backupDir;
+
+    private Filesystem $fs;
+
+    /** @var array<string, string> 退避したパス (相対パス => 退避先) */
+    private array $backups = [];
+
+    protected function setUp(): void
+    {
+        parent::setUp();
+        $this->projectDir = \dirname(__DIR__, 6);
+        $this->backupDir = sys_get_temp_dir().'/eccube_auto_mapped_backup_'.uniqid('', true);
+        $this->fs = new Filesystem();
+
+        $this->stashExistingFiles();
+
+        $this->fs->mirror(\dirname(__DIR__, 5).'/Fixtures/CustomizeRootBundle', $this->projectDir.'/app/Customize');
+
+        // eccube:generate:proxies 相当. 元ソースと同一 FQCN の Proxy を配置する
+        $this->fs->copy(
+            $this->projectDir.'/app/Customize/Entity/StripAutoMappedTarget.php',
+            $this->projectDir.'/'.self::PROXY_PATH,
+            true
+        );
+
+        // 明示登録・auto_mapping ともにコンパイル時に決まるため、コンテナを作り直させる
+        $this->fs->remove($this->subprocessCacheDir());
+    }
+
+    protected function tearDown(): void
+    {
+        $this->restoreStashedFiles();
+        $this->fs->remove($this->subprocessCacheDir());
+        parent::tearDown();
+    }
+
+    /**
+     * 再現構成のままアプリケーションを起動し、メタデータを解決できること.
+     *
+     * 併せて、二重登録を取り除いても Entity のマッピング自体は失われないこと
+     * (issue #6979 の検証 5 と同じ観点) を確認する.
+     */
+    public function testMappingIsResolvedWithRootLevelBundleAndProxy(): void
+    {
+        $process = new Process(
+            ['bin/console', 'doctrine:mapping:info'],
+            $this->projectDir,
+            ['APP_ENV' => self::SUBPROCESS_ENV]
+        );
+        $process->run();
+
+        $output = $process->getOutput().$process->getErrorOutput();
+
+        $this->assertSame(
+            0,
+            $process->getExitCode(),
+            'app/Customize 直下の Bundle と Proxy が共存する構成でメタデータを解決できない.'
+            .' auto_mapping による Entity ディレクトリの二重登録が残っている可能性がある:'.\PHP_EOL.$output
+        );
+        $this->assertStringContainsString(
+            self::TARGET_ENTITY,
+            $output,
+            '明示登録 (TraitProxyAttributeDriver) された app/Customize/Entity のマッピングが失われている'
+        );
+        $this->assertStringContainsString(
+            self::EXTRA_ENTITY,
+            $output,
+            'auto_mapping 側のパス除去が過剰で、第三者バンドルの Entity まで失われている'
+        );
+    }
+
+    private function subprocessCacheDir(): string
+    {
+        return $this->projectDir.'/var/cache/'.self::SUBPROCESS_ENV;
+    }
+
+    /**
+     * 実プロジェクトに同名のファイル・ディレクトリがあれば退避する.
+     */
+    private function stashExistingFiles(): void
+    {
+        foreach (self::MANAGED_PATHS as $relative) {
+            $path = $this->projectDir.'/'.$relative;
+            if (!$this->fs->exists($path)) {
+                continue;
+            }
+
+            $backup = $this->backupDir.'/'.str_replace('/', '__', $relative);
+            $this->fs->mkdir($this->backupDir);
+            $this->fs->rename($path, $backup, true);
+            $this->backups[$relative] = $backup;
+        }
+    }
+
+    /**
+     * 本テストが配置したファイルを取り除き、退避したものを元に戻す.
+     */
+    private function restoreStashedFiles(): void
+    {
+        foreach (self::MANAGED_PATHS as $relative) {
+            $this->fs->remove($this->projectDir.'/'.$relative);
+        }
+
+        foreach ($this->backups as $relative => $backup) {
+            $this->fs->rename($backup, $this->projectDir.'/'.$relative, true);
+        }
+
+        $this->removeEmptyProxyDirectories();
+
+        $this->fs->remove($this->backupDir);
+        $this->backups = [];
+    }
+
+    /**
+     * Proxy の配置で作られたディレクトリを、空になった場合のみ取り除く.
+     * 実運用で生成された Proxy を巻き込まないよう、中身がある場合は残す.
+     */
+    private function removeEmptyProxyDirectories(): void
+    {
+        $directories = [
+            'app/proxy/entity/app/Customize/Entity',
+            'app/proxy/entity/app/Customize',
+            'app/proxy/entity/app',
+        ];
+
+        foreach ($directories as $relative) {
+            $path = $this->projectDir.'/'.$relative;
+            if (is_dir($path) && !(new \FilesystemIterator($path))->valid()) {
+                $this->fs->remove($path);
+            }
+        }
+    }
+}
diff --git a/tests/Eccube/Tests/Doctrine/ORM/Mapping/EccubeEntityMetadataDriverTest.php b/tests/Eccube/Tests/Doctrine/ORM/Mapping/EccubeEntityMetadataDriverTest.php
new file mode 100644
index 00000000000..f4a0bc24053
--- /dev/null
+++ b/tests/Eccube/Tests/Doctrine/ORM/Mapping/EccubeEntityMetadataDriverTest.php
@@ -0,0 +1,127 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Eccube\Tests\Doctrine\ORM\Mapping;
+
+use Doctrine\Bundle\DoctrineBundle\Mapping\MappingDriver as BundleMappingDriver;
+use Doctrine\ORM\EntityManagerInterface;
+use Doctrine\Persistence\Mapping\Driver\MappingDriver;
+use Doctrine\Persistence\Mapping\Driver\MappingDriverChain;
+use Eccube\Doctrine\ORM\Mapping\Driver\TraitProxyAttributeDriver;
+use Eccube\Tests\EccubeTestCase;
+
+/**
+ * EC-CUBE が明示登録している Entity ディレクトリが、TraitProxyAttributeDriver 以外から
+ * 二重登録されないことの回帰テスト.
+ *
+ * Kernel::addEntityExtensionPass は src/Eccube/Entity・app/Customize/Entity・
+ * app/Plugin/<Code>/Entity を TraitProxyAttributeDriver で登録する.
+ * これは Proxy (app/proxy/entity) で宣言済みの Entity を再 require しない実装になっている.
+ * ところが doctrine.orm.auto_mapping がこれらのディレクトリを持つバンドルを検出すると、
+ * 同じディレクトリが素の AttributeDriver でも登録される. 素のドライバは
+ * ColocatedMappingDriver::getAllClassNames() で Entity ソースを無条件に require_once するため、
+ * Kernel::loadEntityProxies が Proxy を先にロードした状態では "Cannot redeclare class" で
+ * fatal になる (Entity の if (!class_exists()) ガード全廃前は、そのガードが吸収していた).
+ *
+ * 二重登録は StripAutoMappedEntityPathsPass がコンパイル時に取り除く.
+ *
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/pull/6895 Entity の if(!class_exists()) ガード全廃
+ * @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/6979 プラグイン/Customize 直下にバンドルを置いた場合の再発
+ */
+final class EccubeEntityMetadataDriverTest extends EccubeTestCase
+{
+    /**
+     * 明示登録した Entity ディレクトリを担当するドライバが TraitProxyAttributeDriver だけであることを検証する.
+     */
+    public function testExplicitlyMappedPathsAreMappedOnlyByTraitProxyAttributeDriver(): void
+    {
+        $entityManager = static::getContainer()->get(EntityManagerInterface::class);
+        $driver = $entityManager->getConfiguration()->getMetadataDriverImpl();
+
+        $explicitlyMappedPaths = $this->explicitlyMappedPaths();
+        $this->assertNotEmpty($explicitlyMappedPaths);
+
+        $mappedPaths = [];
+        foreach ($this->flattenDrivers($driver) as $each) {
+            if (!method_exists($each, 'getPaths')) {
+                continue;
+            }
+            foreach ($each->getPaths() as $path) {
+                $path = realpath($path);
+                if (!\in_array($path, $explicitlyMappedPaths, true)) {
+                    continue;
+                }
+                $mappedPaths[] = $path;
+                $this->assertInstanceOf(TraitProxyAttributeDriver::class, $each, $path.' は TraitProxyAttributeDriver 以外から登録してはならない'
+                    .' (素の AttributeDriver は Entity ソースを無条件に require_once するため、'
+                    .'Proxy ロード済みの環境で "Cannot redeclare class" になる)');
+            }
+        }
+
+        // 対象ドライバが 0 件でもループが素通りするため、明示登録そのものが失われた構成も検知する
+        $coreEntityDir = realpath(static::getContainer()->getParameter('kernel.project_dir').'/src/Eccube/Entity');
+        $this->assertContains(
+            $coreEntityDir,
+            $mappedPaths,
+            'src/Eccube/Entity のマッピングドライバ (Kernel::addEntityExtensionPass の TraitProxyAttributeDriver) が登録されていない'
+        );
+    }
+
+    /**
+     * Kernel::addEntityExtensionPass が TraitProxyAttributeDriver で明示登録するディレクトリ.
+     *
+     * @return list<string>
+     */
+    private function explicitlyMappedPaths(): array
+    {
+        $projectDir = static::getContainer()->getParameter('kernel.project_dir');
+
+        $paths = [
+            $projectDir.'/src/Eccube/Entity',
+            $projectDir.'/app/Customize/Entity',
+            ...glob($projectDir.'/app/Plugin/*/Entity', GLOB_ONLYDIR),
+        ];
+
+        return array_values(array_filter(array_map(realpath(...), $paths)));
+    }
+
+    /**
+     * MappingDriverChain を再帰的に展開して、実際にマッピングを解決するドライバを列挙する.
+     *
+     * @return list<MappingDriver>
+     */
+    private function flattenDrivers(?MappingDriver $driver): array
+    {
+        if ($driver === null) {
+            return [];
+        }
+
+        // doctrine-bundle の MappingDriver は実ドライバをラップしているため中身を取り出す
+        if ($driver instanceof BundleMappingDriver) {
+            return $this->flattenDrivers($driver->getDriver());
+        }
+
+        if (!$driver instanceof MappingDriverChain) {
+            return [$driver];
+        }
+
+        $drivers = [];
+        foreach ($driver->getDrivers() as $each) {
+            $drivers = [...$drivers, ...$this->flattenDrivers($each)];
+        }
+
+        return [...$drivers, ...$this->flattenDrivers($driver->getDefaultDriver())];
+    }
+}
diff --git a/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/CustomizeRootBundle.php b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/CustomizeRootBundle.php
new file mode 100644
index 00000000000..2e0382320ac
--- /dev/null
+++ b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/CustomizeRootBundle.php
@@ -0,0 +1,28 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Customize;
+
+use Symfony\Component\HttpKernel\Bundle\Bundle;
+
+/**
+ * app/Customize 直下に置かれた Bundle (issue #6979 の再現構成).
+ *
+ * doctrine-bundle は Bundle クラスファイルのあるディレクトリ + /Entity を auto_mapping 対象にするため、
+ * この配置では app/Customize/Entity が prefix Customize\Entity で素の AttributeDriver にも登録される.
+ */
+class CustomizeRootBundle extends Bundle
+{
+}
diff --git a/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Entity/StripAutoMappedTarget.php b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Entity/StripAutoMappedTarget.php
new file mode 100644
index 00000000000..5a3f4ebadce
--- /dev/null
+++ b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Entity/StripAutoMappedTarget.php
@@ -0,0 +1,40 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Customize\Entity;
+
+use Doctrine\DBAL\Types\Types;
+use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
+
+/**
+ * app/Customize/Entity に置かれる Entity (issue #6979 の再現構成).
+ *
+ * テスト実行時に同一 FQCN の Proxy が app/proxy/entity 配下に複製され、
+ * Kernel::loadEntityProxies() が先にロードする.
+ */
+#[ORM\Entity]
+#[ORM\Table(name: 'dtb_strip_auto_mapped_target')]
+class StripAutoMappedTarget
+{
+    #[ORM\Id]
+    #[ORM\Column(type: Types::INTEGER)]
+    #[ORM\GeneratedValue]
+    private ?int $id = null;
+
+    public function getId(): ?int
+    {
+        return $this->id;
+    }
+}
diff --git a/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Lib/CustomizeLibBundle.php b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Lib/CustomizeLibBundle.php
new file mode 100644
index 00000000000..ebb10db13c6
--- /dev/null
+++ b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Lib/CustomizeLibBundle.php
@@ -0,0 +1,30 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Customize\Lib;
+
+use Symfony\Component\HttpKernel\Bundle\Bundle;
+
+/**
+ * Entity を持つ第三者バンドル相当 (issue #6979 の「準備1」/ 実環境では league/oauth2-server-bundle).
+ *
+ * prefix が Customize\Lib\Entity になり Kernel::addEntityExtensionPass の明示登録対象外のため、
+ * auto_mapping が生成する素の AttributeDriver がこの prefix で MappingDriverChain に残る.
+ * 素のドライバは 1 インスタンスに集約されているため、その getAllClassNames() は
+ * app/Customize/Entity を含む自身の全パスを走査してしまう (= redeclare の発火条件).
+ */
+class CustomizeLibBundle extends Bundle
+{
+}
diff --git a/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Lib/Entity/StripAutoMappedExtra.php b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Lib/Entity/StripAutoMappedExtra.php
new file mode 100644
index 00000000000..4fe28a74a19
--- /dev/null
+++ b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Lib/Entity/StripAutoMappedExtra.php
@@ -0,0 +1,38 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+namespace Customize\Lib\Entity;
+
+use Doctrine\DBAL\Types\Types;
+use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;
+
+/**
+ * 第三者バンドルが持つ Entity. この prefix (Customize\Lib\Entity) は明示登録の対象外なので、
+ * 素の AttributeDriver が MappingDriverChain に残り続ける.
+ */
+#[ORM\Entity]
+#[ORM\Table(name: 'dtb_strip_auto_mapped_extra')]
+class StripAutoMappedExtra
+{
+    #[ORM\Id]
+    #[ORM\Column(type: Types::INTEGER)]
+    #[ORM\GeneratedValue]
+    private ?int $id = null;
+
+    public function getId(): ?int
+    {
+        return $this->id;
+    }
+}
diff --git a/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Resource/config/bundles.php b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Resource/config/bundles.php
new file mode 100644
index 00000000000..2390d90d3d5
--- /dev/null
+++ b/tests/Fixtures/CustomizeRootBundle/Resource/config/bundles.php
@@ -0,0 +1,22 @@
+<?php
+
+declare(strict_types=1);
+
+/*
+ * This file is part of EC-CUBE
+ *
+ * Copyright(c) EC-CUBE CO.,LTD. All Rights Reserved.
+ *
+ * http://www.ec-cube.co.jp/
+ *
+ * For the full copyright and license information, please view the LICENSE
+ * file that was distributed with this source code.
+ */
+
+use Customize\CustomizeRootBundle;
+use Customize\Lib\CustomizeLibBundle;
+
+return [
+    CustomizeRootBundle::class => ['all' => true],
+    CustomizeLibBundle::class => ['all' => true],
+];